Dirk Eddelbuettel: #056: Running r-ci with R-devel

Dirk Eddelbuettel: #056: Running r-ci with R-devel apresenta uma abordagem prática e eficiente para executar integração contínua em projetos R usando o executor r-ci combinado com imagens R-devel do Rocker. Neste artigo você encontrará instruções claras, exemplos práticos e recomendações para otimizar seus fluxos de CI, reduzir tempos de preparação e garantir reprodutibilidade em testes com a versão de desenvolvimento do R.

Você aprenderá – passo a passo – como configurar um contêiner para R-devel dentro da matriz de jobs do GitHub Actions usando r-ci, quais vantagens essa abordagem oferece e quais erros comuns evitar. Ao final, terá orientações acionáveis para adaptar a solução ao seu repositório e reduzir flutuações de tempo de execução. Experimente as sugestões em um ramo de teste e implemente progressivamente.

Benefícios e vantagens de usar r-ci com R-devel

Combinar r-ci com imagens R-devel traz vantagens claras para desenvolvedores de pacotes R que precisam testar compatibilidade com a versão de desenvolvimento do R. Abaixo estão os benefícios principais:

– Testes antecipados em R-devel: detectar quebras e incompatibilidades antes que elas cheguem ao CRAN.
– Maior reprodutibilidade: contêineres Rocker oferecem ambientes consistentes entre execuções e máquinas locais.
– Redução de tempo de provisionamento: ao usar imagens pré-preparadas como r2u4ci, a preparação da base do sistema é minimizada.
– Flexibilidade na matriz de jobs: é possível ter jobs paralelos com R estável e R-devel, além de variações de sistema operacional.
– Integração simples com GitHub Actions: mudanças mínimas no script run.sh permitem alternar para um contêiner Rocker dedicado a R-devel.

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Como executar – passos práticos para implementar

Segue um processo passo a passo para configurar r-ci com um contêiner R-devel em GitHub Actions. As instruções assumem conhecimento básico de Actions e acesso ao repositório do pacote.

– Passo 1 – Escolher a imagem Rocker: identifique a tag Rocker apropriada para R-devel, por exemplo rocker/r-ver:devel ou uma imagem que inclua ferramentas de compilação.
– Passo 2 – Adaptar run.sh: modifique o script run.sh usado por r-ci para detectar quando o job deve executar dentro do contêiner R-devel e ajustar comandos de provisão (por exemplo, instalar dependências do sistema).
– Passo 3 – Atualizar ci.yaml: na matriz de jobs inclua uma entrada que especifique o contêiner Rocker para R-devel. Exemplo conciso de matriz:

Exemplo de fragmento YAML (sintaxe ilustrativa):

– strategy:
– matrix:
– include:
– – os: ubuntu-latest
– container: rocker/r-ver:devel
– r: devel

Passo 4 – Usar r2u quando apropriado: para instalar binários CRAN no Ubuntu, mantenha o uso de r2u em jobs que precisem de rapidez; em R-devel prefira instalar dependências de fonte conforme necessário.

Passo 5 – Testar localmente e no CI: crie um branch de teste, execute o workflow e verifique logs; ajuste run.sh até a execução estar estável.

Detalhes técnicos importantes

– Volumes e caches: configure o cache do GitHub Actions para pacotes R e dependências do sistema quando possível, para reduzir tempo de execução.
– Permissões de contêiner: garanta que os comandos no run.sh sejam executáveis dentro do contêiner (usuário correto, paths, variáveis de ambiente).
– Instalações de sistema: prefira scripts idempotentes para apt-get e limpe caches ao final para manter a imagem pequena.

Melhores práticas

Aplicar boas práticas evita problemas comuns e maximiza o benefício de testar com r-devel. Abaixo, recomendações que uso em projetos que empregam r-ci.

– Isolar R-devel em jobs dedicados – mantenha jobs separados para R-devel e R-release para diagnósticos mais simples.
– Usar imagens pré-fabricadas – adotar r2u4ci ou imagens Rocker preparadas para reduzir tempos de provisionamento.
– Cache seletivo – cacheie bibliotecas R e pacotes compilados, mas invalide cache quando mudar toolchain ou R-devel.
– Logs detalhados – mantenha verbose logs ao depurar; depois reduza nível de detalhamento para economia de espaço.
– Testes rápidos antes do push – execute checks locais com devtools/rcmdcheck usando uma imagem semelhante para reproduzir ambiente do CI.

Configuração do contêiner

Recomendação prática: baseie seu container R-devel em rocker/r-ver:devel e adicione apenas o necessário – compiladores, bibliotecas de sistema e scripts de provisionamento. Isso mantém o contêiner previsível e relativamente pequeno.

Matriz de execução

Ao definir a matrix do GitHub Actions, inclua r: devel como uma chave separada e use condicional no run.sh para selecionar o contêiner. Isso facilita a manutenção e o monitoramento dos resultados.

Erros comuns a evitar

Mesmo com uma boa base, alguns problemas surgem com frequência. Abaixo os erros mais comuns e como evitá-los:

– Ignorar dependências do sistema – muitos erros em R-devel surgem por falta de bibliotecas externas. Verifique e documente requisitos de sistema.
– Confiar cegamente em caches – caches antigos podem mascarar falhas; sempre limpe cache após mudanças significativas no toolchain.
– Misturar ambientes – evitar usar a mesma imagem para múltiplas finalidades sem controles; prefira imagens dedicadas para R-devel.
– Falta de logs suficientes – logs insuficientes dificultam diagnósticos; mantenha saída detalhada durante debug.
– Esquecer de testar localmente – sempre reproduza o ambiente do CI localmente para identificar problemas antecipadamente.

Exemplo prático: integração com RcppInt64

Um caso real que ilustra a transição é o repositório RcppInt64, que contém um exemplo de workflow onde uma entrada da matrix especifica o contêiner Rocker para R-devel. A modificação necessária no script run.sh foi mínima – basicamente detectar a variável de ambiente que sinaliza R-devel e ajustar a instalação de dependências.

Dica prática: para pacotes que dependem de código C/C++, inclua um job R-devel com opções de compilador e flags específicas, e use ações que exponham caches para bibliotecas compiladas entre execuções.

Perguntas Frequentes (FAQ)

O que é exatamente o r-ci e por que usá-lo com R-devel?

r-ci é um executor leve para integração contínua de projetos R que facilita provisionar ambientes e rodar checks em vários cenários. Usar r-ci com R-devel permite detectar regressões e incompatibilidades antes que mudanças no R cheguem ao CRAN, tornando o pacote mais robusto.

Como escolho a imagem Rocker correta para R-devel?

Prefira imagens oficiais do projeto Rocker que especificam “devel” ou “r-ver:devel”. Verifique se a imagem inclui as ferramentas de compilação necessárias. Teste localmente a imagem escolhida e ajuste pacotes do sistema conforme a necessidade do seu pacote.

Devo usar r2u dentro do contêiner R-devel?

Depende. r2u facilita instalação de binários CRAN em Ubuntu e é excelente para jobs que precisam de rapidez. Em R-devel, quando você precisa compilar pacotes contra a versão de desenvolvimento do R, pode ser necessário instalar dependências de fonte; portanto combine estratégias – r2u para aceleração quando possível e compilação quando necessário.

Como reduzir tempos de execução variáveis do GitHub Actions?

Reduza a preparação usando imagens pré-preparadas (r2u4ci ou Rocker custom), configure cache de pacotes e evite etapas de provisionamento pesadas no tempo crítico do job. Separar responsabilidades por jobs e usar caches válidos são medidas eficazes.

O que monitorar ao rodar R-devel no CI?

Monitore falhas de compilação, avisos de depreciação, diferenças no comportamento de funções e tempos de execução. Mantenha logs detalhados e crie alertas para regressões específicas. Teste automaticamente e revise relatórios de check para identificar regressões introduzidas por mudanças no R.

Posso reverter facilmente para R-release se algo falhar?

Sim. Mantenha jobs separados para R-release e R-devel. Se a execução em R-devel reportar problemas, isole o erro, corrija localmente e apenas então atualize a branch principal. Essa separação facilita a triagem e evita bloqueios.

Conclusão

Implementar Dirk Eddelbuettel: #056: Running r-ci with R-devel em seu fluxo de integração contínua traz vantagens claras: detecção precoce de problemas, maior reprodutibilidade e execução mais previsível quando se utiliza contêineres preparados. As melhores práticas incluem isolar jobs para R-devel, usar imagens Rocker adequadas, configurar caches e manter logs detalhados.

Principais takeaways – testar com R-devel é essencial para pacotes com código nativo; usar r-ci com um contêiner Rocker reduz tempo de configuração; e separar jobs facilita diagnóstico. Experimente as mudanças em um branch de teste, ajuste run.sh conforme necessário e adote caches inteligentes.

Ação recomendada: crie um workflow de teste com uma matriz que inclua R-devel, adapte seu run.sh para detectar e configurar o contêiner, e execute em um branch de teste. Se precisar, consulte os exemplos públicos como RcppInt64 para referência. Comece agora a proteger seu pacote contra regressões futuras.

Fonte Original

Este artigo foi baseado em informações de: http://dirk.eddelbuettel.com/blog/2025/12/11#056_r-ci_with_r-devel